Après l’invasion de la zone sud par les Allemands en novembre 1942, Tom Morel passe dans la clandestinité et entre dans la Résistance en Haute-Savoie où il retrouve le commandant Vallette d’Osia, organisateur et chef de l’Armée Secrète (AS) pour ce département. Il va alors s’attacher, avec le capitaine Maurice Anjot, ex-adjoint de Vallette d’Osia, à organiser l’AS dont le nombre de volontaires se multiplie après la mise en œuvre du service du travail obligatoire (STO) en Allemagne en février 1943.
En septembre 1943, le commandant Vallette d’Osia est arrêté par les Allemands qui viennent de remplacer les Italiens dans l’occupation de la Savoie. C’est le capitaine Henri Romans-Petit, organisateur et chef de l’AS de l’Ain qui lui succède à la tête de l’AS de Haute-Savoie. Celui-ci nomme Tom Morel chef des maquis du département et lui donne pour mission d’organiser la réception des parachutages alliés sur le plateau des Glières.
Le 31 janvier 1944, Tom Morel s’installe sur le plateau avec 120 maquisards. À la fin février, il a sous ses ordres environ 300 hommes qu’il a organisés en trois compagnies. Tom Morel s’illustre par ses talents de chef et d’entraîneur d’hommes venus d’horizons géographiques, sociaux et politiques très divers. Il adopte la devise « vivre libre ou mourir » et instruit son bataillon pour en faire une unité homogène et opérationnelle en vue des combats de la libération. En février et en mars, de nombreux accrochages se produisent avec les groupes mobiles de réserve (G.M.R.) et avec la Milice du régime de Vichy qui encerclent alors le plateau.
Le 2 mars, Tom Morel décide une opération commando contre l’hôtel Beau Séjour à Saint-Jean-de-Sixt où sont cantonnés des G.M.R. Trente d’entre eux sont faits prisonniers. Ils doivent servir de monnaie d’échange contre Michel Fournier, étudiant en médecine et médecin auxiliaire du maquis, arrêté au Grand-Bornand quelques jours plus tôt. Les prisonniers sont libérés, mais, malgré l’accord sur l’honneur de l’intendant de police d’Annecy, Michel Fournier reste détenu.
En mars, le maquis des Glières bénéficie de l’arrivée de 120 maquisards du Chablais et du Giffre. Tom Morel décide alors de mener une autre opération, plus importante et plus risquée, contre l’état-major du G.M.R. Aquitaine à Entremont au pied du plateau des Glières. En effet, l’officier de paix Couret, commandant par intérim du G.M.R., n’a pas respecté ses engagements à l’égard de la Résistance et son chef, le commandant Lefebvre, arrivé le 7 mars, a refusé toute discussion avec le maquis. Plus d’une centaine d’hommes participent à l’opération dans la nuit du 9 au 10 mars 1944. Un des groupes, commandé directement par Tom Morel, réussit à prendre l’hôtel de France, siège de l’état-major des G.M.R. Les maquisards désarment leurs prisonniers, mais le commandant Lefèvre - qui avait gardé une arme sur lui - tire sur Tom Morel 3.
L’hôtel de France, ancien siège de l’état-major des G.M.R. (Entremont).
Le corps du lieutenant Théodose Morel est remonté sur le plateau des Glières, où il est enterré le 13 mars après une cérémonie religieuse. Le 2 mai suivant, son corps est descendu dans la vallée et il est aujourd’hui inhumé au cimetière militaire de Morette, devenu la nécropole nationale des Glières, en Haute-Savoie.
« […] Déjà fait chevalier de la Légion d’honneur à vingt-quatre ans pour avoir capturé une compagnie italienne sur le front des Alpes en juin 1940. Instructeur à Saint-Cyr en novembre 1942, a aiguillé ses élèves vers la Résistance, s’est lancé lui-même corps et âme dans la lutte contre l’envahisseur, agissant tour à tour comme camoufleur de matériel, agent de renseignements, propagandiste. Démasqué par l’ennemi, s’est jeté avec une immense foi dans le maquis savoyard. Sans armes, a attaqué en combat singulier un officier allemand qu’il a réduit à l’impuissance. Devenu chef du bataillon des Glières, a été l’âme de la Résistance du Plateau, son chef et son organisateur. Le 9 mars 1944, après avoir enlevé d’assaut le village d’Entremont, a été assassiné lâchement au cours d’une entrevue qu’il avait demandée à ses vaincus pour épargner une effusion inutile de sang français. Restera dans l’épopée de la Résistance une incarnation du patriotisme français et l’un des plus prestigieux martyrs de la Savoie […]. »